郭家店早在辽金时代就有契丹人、高句丽人在此筑城(小城子、花城子)居住。清代初期,为蒙古达尔罕王游牧地。清嘉庆八年(1803)蒙王招民垦荒,始有山东、河北等地汉民迁入。20世纪初期,这里是仅有十几户人家的小屯,因一户郭姓移民在此落户,并在镇郊开了一处大车店,故名郭家店。
郭家店镇位于梨树县城东
清道光元年(1821),设梨树照磨署,为昌图厅所属,郭家店为梨树照磨署所辖。
清光绪四年(1878),梨树照磨署升格为奉化县。县下设9个社。郭家店为瑞祥社所辖。
中华民国三年(1914),奉化县因与浙江省奉化县重名,改梨树县,郭家店为其所辖。
民国12年(1923)全县实行区村制,划9个区,127个村,郭家店为3区公所驻地。
1941年(伪满洲国康德八年),郭家店为梨树县3区所辖。
1945年,郭家店铁道南划归梨东县,铁道北仍为梨树县。
1948年3月,梨树全境解放,梨东办事处合并入梨树县。全县划12个行政区。郭家店铁南、铁北合并为郭家店街,为3区所辖。街下设8个闾。
1956年5月,郭家店街改为郭家店镇,下辖8个闾和镇郊、蔬菜2个村。1958年10月人民公社化,蔡家乡、孟家岭乡、三家子乡、十家堡乡、郭家店乡、郭家店镇合并成立郭家店人民公社。
1961年,调整公社规模,将郭家店镇从郭家店人民公社划出为县直属镇。下设两个街道,辖11个委和镇郊、蔬菜2个村。
1963年,青堆子大队划归万发公社。1971年重新划回。
1968年10月,成立郭家店镇革命委员会,下属行政区划不变。
1972年,大城子(镇郊)大队划归郭家店镇。
1977年,青堆子大队划分为青堆子和新胜2个大队。
1983年,郭家店镇革命委员会改为郭家店镇人民政府。郭家店镇下辖2个街道和镇郊、蔬菜2个村,街道下设19个居民委员会。
光绪二十六年(1900),南满铁路建成,设火车站(称四站)即今郭家店镇。该镇依山傍河,处在南北两相夹的狭长地带。借助铁路的交通优势,铁道南逐渐繁荣。以头道街、二道街为中心,建有绸缎店、日用杂货铺、干鲜果品店、钱庄、饭馆、澡堂和药铺,形成街区。
随着城区人口的增加和商贸的繁荣,该镇成为附近农村商品交流的中心。原来铁路、公路交叉的唯一狭小道口两侧,经常人塞车堵,加上每天几十对通过的火车,交通堵塞现象延续二十年。经县镇政府与铁路部门反复协商,于1985年7月,在城区东部长大铁路612公路处建一座宽
郭家店火车站